监测室在中心首席科学家的指导下开展工作，内部各实验室实行专家负责制。
1．整合中心有关实验室技术资源，构建中心监测平台。
2．参与重大动物疫病及紧急疫情流行病学调查。
3．执行重大动物疫病流行病学监测任务，并向协作交流处和调查分析室提供监测结果和分析报告。
4．开展一类动物疫病、人畜共患病、新发病、野生动物病、水生动物病、蚕病、蜂病等的诊断技术、诊断试剂和监测技术研究。
5．承担血清库的管理工作。
6．承担各级各类实验室动物疫病检测技术指导培训工作。
7．完成中心领导交办的其他工作。