该处的职责主要是构建流行病学业务平台，负责组织协调中心有关部门、各分中心、国家参考实验室、重点实验室及各级各类实验室，共同完成重大动物疫病流行病学调查、监测工作；与流行病学调查分析室、国际兽医事务综合分析室紧密合作，共同完成相关任务。
    1．负责组织拟定重大动物疫病流行病学调查监测和疫病普查计划，并协调中心有关部门、各分中心、国家参考实验室、重点实验室及各级各类实验室共同实施。
    2．组织重大动物疫病及紧急疫情流行病学调查。
    3．组织起草重大动物疫病流行病学总体报告。
    4．协调流行病学调查分析室、国际兽医事务综合分析室的业务工作。
    5．组织动物流行病学国际合作项目。
    6．负责全国动物卫生与流行病学专家委员会的日常事务。
    7．组织动物流行病学调查监测方面的技术培训。
    8．开展动物防疫行业管理软件开发研究工作。
    9．承担中心信息网络硬件管理和维护。
   10．完成中心领导交办的其他工作。